ممکن است دارک وب با دیپ وب اشتباه گرفته شود اما در اصل این دو به یک موضوع مشابه اشاره نمی‌کنند. دیپ وب به تمام وب سایت‌هایی اشاره می‌کند که نمی‌توان آن‌ها را از طریق موتورهای جستجوگر پیدا کرد. به عنوان مثال، شبکه‌های داخلی سازمان‌ها، اداره‌ها، دانشگاه‌ها و دولت‌ها و همچنین پایگاه‌داده‌های تجاری نظیر LexisNexis و WestLaw را می‌توان به عنوان بخشی از دیپ وب در نظر گرفتت. دیپ وب شامل تمام اطلاعات غیرقابل رهگیری همچون وب سایت‌ها ایمیل، دیتابیس‌ها و… می‌شود. در واقع، دارک وب بخش کوچکی از دیپ وب است که عمداً مخفی نگه داشته شده‌است و محصولات و خدماتی در آن ارائه می‌شود که تنها عده معدودی به دنبال آن می‌گردند؛ مثل سایت‌های مواد مخدر. به نوعی مجموعه سایت‌های غیرقانونی در دیپ وب را می‌توان دارک وب نامید.